真菌感染侵犯的部位不同，其臨床癥狀也會有所差異。臨床上可將真菌感染的癥狀分為淺部真菌感染、深部真菌感染、機會性真菌感染這三種情況。

1、淺部真菌感染：在人體免疫能力低下時，如果不注意個人衛生，真菌侵犯了皮膚、毛發等部位，這時可能會出現皮膚上起紅斑、丘疹、水皰等癥狀。

2、深部真菌感染：如果真菌感染侵犯到呼吸系統，可能會出現呼吸困難、哮喘發作、咯血等癥狀；如果真菌感染侵犯到泌尿系統，可能會出現尿液渾濁、泡沫多等癥狀；如果侵犯到消化系統，可能會出現腹瀉、肛周白斑等癥狀。如果侵犯到神經系統，可能會出現嗜睡、表情淡漠等癥狀。

3、機會性真菌感染：若患有糖尿病、淋巴瘤等基礎疾病，導致自身的抵抗能力低下。如果平時不注意做好防護措施，容易發生真菌感染，可能會出現口咽鵝口瘡、發冷、發熱等癥狀。